曾经跟中科院有过缘源，所以算是比较了解，个人建议如下：

首先，从读研究生的角度来看，清华大学和中科院都是2个非常不错的地方，甚至可以说是代表我国科研最高水平的2个地方。但是，在很多人眼里，清华大学的名气可能更大一些，这个可以理解。现实中，也有不少清华大学毕业的本科生，最后选择了去中科院科研院所读研究生。相信，这些学生也都不傻。

其次，中科院的微电子所，计算机所和半导体所，算是系统里水平很不错的3个所，从师资力量，科研水平，论文产出以及学生就业等等方面，都是属于中上水平。如果能够确定保

研到这3个所，甚至可以自由选择的话，个人建议选择中科院的保研。

因为，自己考清华，还需要复习准备，打持久战，考试这东西，还有可能会出意外。最坏的结果有可能会发生，考研结束，基本上保研的早就确定了，过期不候了。到时二者皆空，就损失大了。

最后，个人建议，优先选择中科院的保研，而且选择一个厉害的导师，如果能找到一个院士导师，那就更厉害了。当然，有清华梦的，请尊重自己的梦想。