（公民清洁出书社，周春燕、冯作化著，第2版）
蛋白质篇
一、蛋白质的折叠
了解了蛋白质折叠的界说，及分子表里的影响要素（包括蛋白质一级规划、二硫键及非共价键、外部环境、辅佐分子）。
了解了分子伴侣的概念，并晓得了其作用机制（包括hsp70、hsp40以atp依靠方法，hsp60、hsp10以圆筒状复合体方法辅佐折叠）。
略微晓得了一下有关蛋白质折叠的机制理论，包括“自拼装”热力学假设、能级描摹等。
*hsp：热激蛋白。
二、蛋白质的定位
了解了蛋白质靶向运送的意义及“信号肽假设”的内容。
了解了向线粒体（富含靶向序列的未完全老到的蛋白质，在tom/tim作用下进入线粒体，并折叠成天然构象）、跨核膜运送（含nls/nes的蛋白质在载体蛋白协助下经核孔进出）及分泌性蛋白（n-结尾序列与srp联系的，进入内质网膜上的易位子翻开的通道）靶向运送的机制。
*tom/tim：外膜转运酶复合体、内膜转运酶复合体。nls/nes：核定位信号、核输出信号。srp：信号肽辨认颗粒。
三、蛋白质的润饰
了解了蛋白质翻译后润饰的意义及常见类型。
了解了蛋白质磷酸化的意义、常见蛋白激酶（包括①蛋白质丝/苏氨酸激酶：pka，pkc，cam-pk，pkg；②蛋白质酪氨酸激酶：pkt；③双专注性蛋白激酶）的作用。
了解了糖蛋白糖链联接方法及其各自的功用（n-糖链最多见，参加细胞辨认、与ecm彼此作用、信号转导等；o-乙酰半乳糖胺是构成血型抗原的规划基础；o-岩藻糖润饰参加notch分子的信号转导；o-乙酰葡糖胺调度转录因子活性）。晓得了酸性糖链规划及功用。顺带温习了细胞膜蛋白的分类及功用（因其大多是糖蛋白），晓得了蛋白聚糖的功用。
略微晓得了一下脂基化润饰（固定蛋白质于膜上，信号转导开关）、甲基化润饰（表观遗传调控）、乙酰化润饰（调度肝内代谢酶活性，调度基因转录）、类泛素化润饰的生物学特征及意义。
*ecm：细胞外基质。
**有些内容在后文“表观遗传学基础”总结。
四、蛋白质的降解
了解了泛素-蛋白酶体系统（ups）的构成（atp和泛素依靠的ups含19s的蛋白酶体激活因子，体内以此种为主；而不依靠之的ups含11s蛋白酶体激活因子）、降解进程（首要的酶：泛素活化酶e1，泛素联系酶e2，泛素联接酶e3；共价联接多个泛素分子的靶蛋白在蛋白酶体中心颗粒β亚基降解）。
了解了自噬的概念，晓得了其降解进程（自噬有关基因参加，阅历开始、成核、延伸进程，究竟降解被包裹物）。调度要素有pi3k、mtorc1等。
晓得了蛋白质降解的研讨战略。
*mtorc1：哺乳动物雷帕霉素靶蛋白复合体1，抑制自噬。
五、蛋白质的彼此作用
温习了一些概念：蛋白质彼此作用（ppi）、联接蛋白、规划域等等，还回想了sh2、sh3的常识。
关于grb-sos通路有了初步的晓得。
晓得了ppi界面的一些特性，以及ppi的研讨战略。
六、蛋白质组学
晓得了其界说和研讨规模。
基因组与基因表达
一、基因组
温习了一些根柢的常识点，比方：基因、遗传学三大规则、多基因家族、假基因等。温习了基因及基因组规划方面的一些概念，比方：操作子模型（原核生物）；规划基因序列（外显子与内含子）与调控序列（顺势作用元件，建议子、增强子，缄默沉静子）；顺式作用元件与反式作用因子；重复序列。
晓得了基因组、基因组学、转录组学的概念。
二、基因组仿制
了解了真核生物基因组仿制的根柢进程及仿制叉模型，参加其间的各种蛋白质（5种dna聚合酶，rpa，rfc，pcna，dna联接酶i，dna解旋酶，拓扑异构酶等）及其功用。
晓得了真核生物dna仿制的调度（首要是cdk的作用）。晓得了端粒酶及dna仿制结尾的调控。
*rpa：仿制蛋白a。rfc：仿制因子c。pcna：增殖细胞核抗原。cdk：细胞周期蛋白依靠激酶。
三、dna损害的批改
了解了dna损害批改的方法及各自适用的目标。

了解了何为dna损害反应。在细菌即sos应对；真核生物中由感应蛋白（首要是rpa——单链dna联系蛋白，mrn——双链dna开裂联系蛋白）招募激活atr、atm调控激酶（均为pi3k有关蛋白激酶），控制仿制叉、调控细胞周期进程。
四、基因表达的表观遗传调控
了解了表观遗传学的意义，晓得了其研讨的视点（选择性转录、转录后调控、翻译后调控）。 晓得了染色质重塑的特征、意义及分类。
*tf：转录因子。sam：s-腺苷甲硫氨酸。dnmt：dna甲基转移酶。hat：组蛋白乙酰化酶。hdac：组蛋白去乙酰化酶。prmt：蛋白质精氨酸甲基转移酶。kmt：组蛋白赖氨酸甲基转移酶。sumo：小泛素有关润饰物，sumo化即类泛素化。
五、真核基因表达的转录调控
了解了转录开始调控中一些要害概念：pic即基础转录设备；tf即转录因子/反式作用因子，包括通用tf、序列特异性tf、辅佐tf等；顺式作用元件如tata盒；转录激活因子（及其规划特征、如何发扬作用）及其间常见的一类——核受体。
略微晓得了转录进程的调控（关于rna pol ii的大亚基ctd）。
了解了转录后调控的四个要害词——润饰，剪切/剪接、定位、降解。了解了5’-帽[m7gpppagpnp]的重要功用（出核、防降解、促翻译等）、3’-尾及polya信号、剪接与剪切的差异及选择性剪接、mrna完成定位的途径（沿细胞骨架转运、定位维护、定点组成、涣散与定点锚定）、影响mrna平稳性的要素、无义骤变介导的mrna降解（nmd）的意义，等等。
细胞生命活动的分子调控
一、细胞凋亡的分子调控
1. 了解了细胞凋亡的意义——内在基因控制、自立（主动）的、有序的。了解了其特征性改变，包括：①凋亡小体；②细胞膜磷脂酰丝氨酸外翻；③染色质dna非随机性降解（阶梯状电泳图谱，160-200bp×n）。
2. 了解了推进细胞凋亡的酶或分子。
（1）半胱氨酸-天冬氨酸特异性蛋白酶（caspase）在天冬氨酸之后堵截底物，分为ice家族（-1，4，5，13，参加炎症反应）、ced-3家族（-3，6，7，凋亡实施者，降解蛋白；-2，8，9，10，凋亡建议者，自激活后致使caspase级联反应）。其功用：灭活抑凋亡蛋白（eg. bcl-2）；水解细胞蛋白；激活有关活性蛋白酶。
（2）核酸内切酶可被钙镁离子激活、被锌离子抑制。在核小体联接区切开。
（3）凋亡蛋白酶激活因子1（apaf-1）可以与cyt c、caspase-9协同激活caspase-3。
（4）去世受体/配体有：tnfr-1/tnf、fas/fasl、dr3/apo-3l、dr4/apo-2l、dr5/apo-2l。fas可构成三聚体，胞内dd规划域经过接头蛋白fadd的去世效应规划域ded与pro-caspase-8偶联。活化蛋白激酶，前进钙离子浓度；活化caspase级联反应，水解dna等。tnfr-1的接头蛋白是tradd。
（5）p53是bax的正调度因子、bcl-2的负调度因子。g1期监督dna无缺性，阻滞细胞周期，若不能批改，则诱导凋亡。
（6）凋亡诱导因子（aif），存在于线粒体表里膜空位，其致使细胞凋亡不依靠于caspase活性。其发扬作用是因为线粒体通透性变换孔（mptp）翻开。
（7）c-myc有转录因子活性，有促增殖和促凋亡两层调度作用。其与max构成复合物，也可诱导凋亡。
了解了抑制凋亡的分子。
（1）bcl-2家族：bcl-2等抗凋亡，抑制mptp翻开，灭活apaf-1，还可特异性联系cyt c。bax、bid、bak等促凋亡，参加线粒体外膜孔洞构成、还可与bcl-2等彼此作用。其作用方法首要是影响钙离子、aif、cyt c的开释。
（2）细胞凋亡抑制因子iap超家族，可抑制caspase活性。
（3）il-1、il-18、tnfs有诱导细胞凋亡的作用；tgf-β1、inf-γ在某些情况下也可诱导凋亡；il-4、il-6可抑制凋亡。
4.了解了caspase依靠的凋亡途径。（以下是对笔记4的弥补）
①线粒体凋亡：atp/datp的降低等致使mptp翻开，cyt c、aif、内切核酸酶g、cad等从线粒体膜空位开释入胞质。cyt c/apaf-1/pro-caspase-9集合构成凋亡体，激活caspase-9。内切核酸酶g转运入核，水解核染色质，dna片段化。cad（caspase依靠的dnase）也入核，经caspase-3切开后可使dna片段化更显着，染色质进一步浓缩。线粒体凋亡途径遭到bcl-2家族调控。
②严峻的内质网应激，可致使内质网凋亡：经过caspase-12通路、chop/gadd153通路、jnk通路介导。详见“应激的分子调控”章节（下周读）。
③去世受体介导的凋亡：fadd的ded区与pro-caspase-8/10联系，构成disk（去世诱导信号复合体）→caspase-8,10本身剪切激活，建议caspase级联反应，caspase-3,6,7激活→降解icad，开释cad→降解dna，引发凋亡。
此三大凋亡途径有亲近的彼此联络，比方钙离子的中心作用、caspase参加与的一起实施通路。
④细胞毒t淋巴细胞（ctl）、nk细胞开释了穿孔素/颗粒酶。fas/fasl是ctl诱导凋亡的首要方法。颗粒酶b可以激活caspase而不依靠于上游信号；颗粒酶a则是经过单链dna损害进行的caspase非依靠途径。
5.晓得了caspase非依靠的凋亡途径。例如自噬、类凋亡、有丝割裂灾变、凋亡样程序性去世（aif，内切核酸酶g可以有关）、坏死样程序性去世（钙蛋白酶原、bax参加）。
6.晓得了心肌缺血或i/r致使细胞凋亡的机制。①ros↑；②fas表达↑；③p53转录↑。猜测：钙超载也是机制之一？
7.晓得了关于凋亡途径的潜在医治靶点。
二、细胞增殖的分子调控
1.了解了四个细胞周期查看点及相对应的功用，此进程中的重要细胞周期蛋白。①g1-s期查看点（r点）—联系表里信号—cyclin e，cdk2/3，若存在有丝割裂原，则cyclin d、ckd4/6也推进细胞经过r点；②s期查看点—dna受损—cyclin a，cdk1/2；③g2期查看点—避免带着受损或未仿制完的dna进行有丝割裂；④m期查看点—姐妹染色单体是不是平稳附着于纺锤体—cyclin b，cdk1（即有丝割裂推进因子mpf）。cyclin d-cdk4/6、cyclin e-cdk2活化rb蛋白，清除对e2f（转录激活因子）的抑制，建议基因表达。cyclin b-cdk1对m期有丝割裂进行调度。
2.晓得了细胞周期抑制分子（cki，14-3-3，p53）。
3.了解了原癌基因、抑癌基因、生长因子的概念，细胞从g0回来g1的进程（获取资历[pdgf参加]、进入[pdgf，egf，胰岛素参加]、发展[igf1参加]）
4.了解了细胞增殖有关信号通路。
5.晓得了细胞表里环境对增殖的影响。no、硫化氢、低ph可抑制增殖；钙离子经过ip3途径影响增殖。
6.晓得了细胞增殖有关的概念，触摸抑制、细胞变老等。
7.晓得了血管滑润肌细胞增殖在as中的作用。
三、细胞分化的分子调控
1.了解了一些根柢概念，如细胞分化、祖细胞、去分化、转分化、细胞可塑性、分化主导基因、ipsc、yamanaka因子（oct3/4、sox2、c-myc和klf4）等。
2.以基因座控制区为例，晓得了分化状况及功用是由特异性基因时空表达抉择的。大概晓得了一下其机制。
3.了解了细胞间分化调控的重要通路notch信号的构成（notch受体，dsl/jagged配体，dna联系蛋白cbf1/csl）和功用（旁抑制效应）等。
4.了解了诱导定向分化的三种方法。①外源性生物分子或化合物诱导（例如bmp家族，dmso）；②转基因诱导（如fgf2、runx2）；③与其他细胞共培育。三种办法各有利害。
5.晓得了坚持esc万能性的机制，包括白血病抑制因子（lif）-lifr-jak/stat通路、oct-3等转录因子。
四、应激与代谢的分子调控
1.了解了一些根柢概念，如应激、应激原、急性期反应、急性期蛋白（app）、缓慢相等。
2.了解了全身性应激的桥梁——神经-内分泌体系：①下丘脑-垂体-肾上腺皮质体系（gc↑）；②交感-肾上腺髓质体系（儿茶酚胺↑）。
3.了解了细胞应激的非特异性分子作业——app与热休克蛋白（hsp）。①app：如crp、α1-酸性糖蛋白、降钙素原（pct）、联系珠蛋白。肝脏是首要的组成部位，il-1β、il-6、tnf-α是诱导组成的首要分子。②hs

pＦ交壶应激时蛋白质的解聚和复性；受热休克因子调控（hsf，其间hsf1为主）。
4.了解了不一样应激原诱导的特异性分子作业，如表。
5.晓得了应激在汗水管疾病中扮演的人物。hsp70等发扬的维护作用；ros在高脂血症、高同型半胱氨酸血症、高血糖症推进as发生打开中发扬的作用等。
6.大概看了下各种有关蛋白、有关通路，应激在其它疾病中的作用，对本章细节未作深化学习。
7.了解了物质代谢调度的信号通路，包括：①ampk（amp激活的蛋白激酶）通路：ampk是能量感应器，受amp/atp、adp/atp比值、上游激酶tak1等调度；调度下流要害酶或转录因子，促糖罗致，促糖酵解，抑制糖异生。还调度脂代谢。②pi3k（磷脂酰肌醇3激酶）-akt通路：胰岛素等gf、ck经过酪氨酸蛋白激酶和g蛋白偶联受体，激活pi3k，发生pip3并激活akt。akt磷酸化p21、nf-κb、gsk-3、foxo1、mtor等，而pten是负调度因子。此外，还略微晓得了其他通路，比方hif-1α通路调度代谢。